Le conseil de laboratoire est composé de 10 membres élus parmi l’ensemble des permanents pour une durée de 4 ans et qui représente les différents secteurs et services. Le directeur en fait partie ainsi qu’un représentant élu parmi les doctorants. Son rôle est de définir la politique du Laboratoire.
Le conseil scientifique, se réunissant 1 à 2 fois par an, comprenant une partie du Conseil de Laboratoire ainsi que des personnalités extérieures reconnues pour leur compétence scientifique, est chargé de juger les actions scientifiques du Laboratoire ainsi que de proposer de nouveaux axes de développement au niveau scientifique (nouvelle thématique, audit des activités scientifiques).
La cellule projets est composée du Directeur, du correspondant CESPI et des responsables de services. Son rôle est d’analyser tout nouveau projet suivant 5 axes : spécifications, coûts, besoin (main d’œuvre), risque du projet et organisation du projet. Pour cela elle organise des « revues d’opportunité ». Elle assure la planification à moyen-long terme des projets (activité du plan de charge et une prévision d’évolution des besoins en compétences et métiers spécifiques.
La commission paritaire Composée du Directeur, de 4 membres élus parmi le collège IT-CNRS, un membre par corps (ingénieurs de recherche, ingénieurs d’études, assistants ingénieurs et techniciens) et de 3 membres nommés par la direction, élus pour 4 ans. Cette commission est consultée sur les décisions concernant la carrière des personnels IT-CNRS du laboratoire. Le président de la commission peut convoquer des experts à la demande de l’administration ou des représentants des personnels, afin qu’ils soient entendus sur un point inscrit à l’ordre du jour.