Plateforme de modélisation en radiothérapie
La PMRT a pour objet de recueillir de façon exhaustive les traitements appliqués (radiothérapie externe par rayons X, protons et plus tard hadrons) et les résultats cliniques de ces traitements, de façon à développer des modèles de contrôle tumoral et surtout d’induction d’effets secondaires.
Le Laboratoire de Physique Corpusculaire de Caen (LPC-Caen) est un laboratoire de recherche fondamentale et appliquée en physique nucléaire et physique des rayonnements. Il est constitué de six groupes de recherche, dont le Groupe Applications Médicales et Industrielles (GrAMI). Le GrAMI mène des recherches dans les domaines de la mesure de sections efficaces pour la hadronthérapie, la dosimétrie des rayonnements ionisants et l’étude des effets cliniques des traitements utilisant ces rayonnements ionisants (projet de Plateforme de Modélisation en RadioThérapie, PMRT). La PMRT a pour objet de recueillir de façon exhaustive les traitements appliqués (radiothérapie externe par rayons X, protons et plus tard hadrons) et les résultats cliniques de ces traitements, de façon à développer des modèles de contrôle tumoral et surtout d’induction d’effets secondaires. L’objectif ultime est de produire, pour un nouveau patient, un tableau de bord complet, à destination du radiothérapeute oncologue, des prédictions (ainsi que de leur incertitude) concernant le patient, sachant son dossier clinique et le ou les traitements envisagés.
La mise en œuvre d’un tel projet, se fait sur plusieurs plans.
Le premier objectif consiste à mettre en production le recueil clinique sur la base de données structurée et le couplage de ces données aux métadonnées d’imagerie et de biologie en adaptant le pipeline de sécurité pour qu’il puisse traiter l’intégralité de ces informations, sans restriction. Une fois mis en production, la base sera alimentée en continu au fil des traitements par rayons X et proton. Dans la première année, elle sera insuffisante pour produire des modèles convaincants.
Nous mettrons à profit cette phase pour reprendre l’intégralité des « modèles standards » de radiothérapie applicables aux traitements réalisés dans ces deux modalités, en réajustant ces modèles de façon à obtenir leurs prédictions, mais également l’incertitude de ces prédictions, dans une approche Bayésienne qui est au cœur de notre processus d’inférence. Nous développerons également des systèmes observationnels des toxicités permettant d’alerter, de façon précoce de l’évolution inattendue d’une technique de traitement relativement à une autre. Cela constitue le second objectif du programme PMRT.
Le dernier objectif consiste à développer des modèles plus précis et plus individualisés des résultats cliniques, sachant les informations initiales de traitement. Ces modèles exploiteront l’intégralité des données recueillies et seront portés par une architecture logicielle capable de supporter la diversité des traitements observés.
[Ce projet est cofinancé par l’Union européenne et la Région Normandie à hauteur de 177 k€ pour la période du 01/09/2018 au 31/08/2021.]
Le RIN (Réseaux d’intérêts normands) Recherche de la Région Normandie a pour but de soutenir des projets de recherche, qui doivent réunir à minima deux partenaires normands. La Région souhaite ainsi simplifier les dispositifs pour permettre aux chercheurs de proposer des projets structurants, en cohérence avec la stratégie des établissements, des organismes et de la COMUE Normandie Université.
Ce package a été construit pour nos développeurs dans l’objectif de simplifier l’accès aux données stockées sous format DICOM, de façon à produire des features (informations de haut niveau) destinées au Machine Learning. Il dégage le développeur de la connaissance des systèmes de référentiels et de maillage des imageries, et permet entre autres la visualisation 1D, 2D et 3D des objets.